Como Universidad, el Ateneo de Manila busca preservar, extender y comunicar la verdad y aplicarla a el desarrollo humano y la preservación del medio ambiente.
Como Universidad filipina, el Ateneo de Manila busca identificar y enriquecer la cultura filipina y hacer su propio.
A través de la educación de toda la persona y la formación de los profesionales necesarios y por medio de diversas actividades empresariales, la Universidad tiene como objetivo contribuir a los objetivos de desarrollo de la nación.
Como Universidad Católica, el Ateneo de Manila busca formar personas que, siguiendo las enseñanzas y el ejemplo de Cristo, dedicarán sus vidas al servicio de los demás y, a través de la promoción de la justicia, sirven sobre todo aquellos que están más necesitados de ayuda, los pobres y los débiles.
Fiel a las enseñanzas de la Iglesia Católica, la Universidad pone al servicio de la fe y de la interpretación de sus enseñanzas a la sociedad filipina moderna.
Como Universidad Jesuita, el Ateneo de Manila busca de los objetivos de la educación liberal Jesuita a través de la desarrollo armónico de las virtudes morales e intelectuales. Imbuido del espíritu ignaciano, la Universidad tiene como objetivo llevar a sus estudiantes a ver a Dios en todas las cosas y luchar por la mayor gloria de Dios y el mayor servicio de la humanidad.
La Universidad busca de todo esto, como académico comunidad, mediante el ejercicio de las funciones propias de una universidad, es decir, a través de la enseñanza, investigación y servicio a la comunidad.