La integración de los sistemas ERP con las infraestructuras de TI también desafía a los equipos de proyectos ERP. El uso de metodologías de implementación apropiadas a menudo puede hacer o deshacer un proyecto ERP. La falta de acomodar Evolución de los Negocios procesos de acuerdo con Anthony, R. A, los procesos de negocio se dividen en tres niveles - de planificación estratégica, control de gestión y control operacional.
Organizaciones realinear continuamente sus procesos de negocio de todos los niveles en respuesta a las condiciones del mercado en constante cambio. Muchos sistemas ERP no son lo suficientemente flexibles para adaptarse a la evolución de los procesos de negocio. muchos sistemas ERP necesita una revisión a fondo en cada un par de años. La falta de aceptación del usuario Los usuarios de los sistemas ERP son empleados de las organizaciones en todos los niveles.
Proyectos de ERP por lo general modifican los procesos de negocio de la compañía que crean trabajo extra para los empleados que los utilizan inicialmente. Ellos no pueden pensar que el flujo de trabajo integrado en el software son mejores que los que actualmente utilizan. La participación de los usuarios finales en curso y la formación pueden aliviar la difícil adaptación de la organización de nuevos sistemas y nuevos procesos de negocio.