También puede reducir la necesidad de la filtración mecánica por no mantener comedores sucios, mediante la eliminación de todos los residuos flotando libremente a mano, dedicando tiempo y esfuerzo para el desarrollo de un semi-ecosistema que funcione correctamente, y no sobrealimentar a los peces o salir de sobra comida en el agua.
Un acuario es demasiado pequeño para formar un ecosistema perfectamente equilibrado, y que está constantemente añadiendo la nutrición desde fuera del sistema, pero se puede obtener una forma de semi-ecosistema que sólo requiere la filtración biológica y cambios regulares de agua para su funcionamiento. Este sistema es, sin embargo delicado, y para el aficionado principiante o el guardián de las especies sensibles, una combinación de filtración biológica, mecánica y química suele ser necesario.