Después de graduarse, Eugene trabajó en un instituto de investigación multidisciplinar. Eugene es donde se estudió primero el virus de la computadora después de detectar el virus Cascade en su ordenador en octubre de 1989.
Eugene analiza el virus y se desarrolla módulos por primera vez la desinfección de virus. Desde entonces, comenzó a coleccionar programas maliciosos y módulos para la desinfección de estos virus. La colección más tarde se convirtió en el fundamento de la base de datos antivirus conocido como Kaspersky Antivirus.
En la actualidad, la base de datos cuenta con 1,3 millones de discos y es una de las bases de datos de antivirus más completos del mundo. En 1991, Eugene se unió al Centro de Tecnologías de la Información de Estados Unidos, donde Eugene y sus colegas han desarrollado un grupo de proyecto antivirus AVP, que se convirtió en la forma básica de Kaspersky Antivirus.
El reconocimiento mundial al proyecto en 1994, donde AVP no es conocido por haber ganado un concurso organizado por la Universidad de Hamburgo de pruebas de laboratorio, lo que demuestra que la tasa de detección de virus es más alto que los programas antivirus más populares del momento. Luego, en 1997, Eugene y co-socio decidieron crear una compañía independiente, que más tarde se convirtió en el fundador de Kaspersky Lab. Desde entonces, Eugene encabeza la compañía de investigación de antivirus. Hasta que finalmente, en 2007, se posiciona como el CEO Eugene Kaspersky Lab.
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