La historia comienza en 1993 en Somalia, cuando Elliot Salem y Tyson Rios (los protagonistas del juego) se encuentran todavía en los EE.UU. 75º Regimiento Ranger, donde tienen la tarea de trabajar con Phillip Clyde de Seguridad y Estrategia Corporation (SSC) para asesinar a Abdullahi Mo'Alim. Después de esta misión, Philip Clyde, en nombre del director general SSC Ernest Stockwell, invita teniente coronel Richard Dalton (comandante del 75o Regimiento Ranger) para unirse a la empresa por un trabajo de escritorio.
Él está de acuerdo, pidiendo para llevar Salem y Rios con él como contratistas, y, al año siguiente, los tres entrar en el sector privado.
Salem y Ríos comienzan un tramo de ocho años de trabajo mercenario en diversas operaciones en Estados Unidos hasta los acontecimientos del 11 de septiembre de 2001. Ellos son luego contratados para infiltrarse en una base de misiles de montaña (sobrantes por los rusos de la guerra fría) en uso por Al Qaeda.
La tienen la tarea de la destrucción de alcance medio M-11 misiles, la eliminación de los terroristas de Al-Habiib, y el rescate de Brian Hicks (otro operativo SSC que fue capturado tratando de realizar las mismas tareas). Después de matar a Al-Habiib, destruyen un alijo de ojivas químicas con la ayuda de un hacker, que trabaja bajo el mango "Section Eight".
Se anunció en las noticias que la CSS ha adquirido Black Mountain Industries, otros PMC. La fusión hace SSC PMC más grande en el mundo, lo que provoca controversia que se están convirtiendo en demasiado poderoso.
Dalton tranquiliza al público que sus motivos son puros.
En 2003, los dos son enviados de vuelta a Irak por Alice Murray, su coordinador de la misión. Su misión es rescatar el teniente coronel Samuel Eisenhower, un amigo de Salem y Ríos "viejo escuadrón Army Ranger. Se dijo que tiene información vital y está siendo retenidos como rehenes en una base estadounidense que ha caído bajo control enemigo. Salem y Rios le extraen con éxito a un helicóptero. Sin embargo, poco después de que despega, explota.
Salem comenta que con Eisenhower muerto, sólo él, Ríos, Dalton, y otro soldado llamado Pedro son los únicos miembros supervivientes de su antigua unidad de diez hombres. Ali Youssef, un terrorista iraquí, afirma la responsabilidad de la muerte de Eisenhower, y los dos tienen la tarea de eliminarlo, su lugarteniente, y su base iraquí.
Después de la misión, los senadores Alex Richter y Richard Whitehorse a discu