Teniente General Shepherd es el comandante de la Fuerza de Tarea tanto 141 y los Rangers del Ejército, y se convierte en un antagonista después de que traiciona a los miembros del grupo de trabajo, cerca del final del juego. Vladimir Makarov, un antiguo protegido de Imran Zakhaev, sirve como el principal antagonista en la mayor parte de la historia.
A pesar de los esfuerzos realizados por el Cuerpo de Marines de Estados Unidos y el Servicio Aéreo Especial, los ultranacionalistas tomar el control de Rusia y declaran Imran Zakhaev un héroe y mártir, erigiendo una estatua de él en el corazón de la Plaza Roja. Mientras tanto, Vladimir Makarov, uno de los ex tenientes de Zakhaev, comienza una campaña en contra de Europa por la comisión de actos de terrorismo en el transcurso de cinco años.
En Afganistán, Ejército de los EE.UU. guardabosques Joseph Allen asiste en la toma de una ciudad de insurgentes.
Impresionado por las habilidades de Allen, el teniente general Shepherd lo recluta en "Task Force 141", una unidad antiterrorista de élite, multinacional bajo el mando de Pastor. Mientras tanto, otros dos miembros de 141, John "Soap" MacTavish y Gary "Roach" Sanderson se infiltran en una base aérea rusa en las montañas de Tian Shan para recuperar un SCA (Ataque Sistema Caracterización) módulo desde un satélite caído.
Allen se envía posteriormente una misión secreta en Rusia para la CIA, uniéndose a Makarov en una masacre de civiles en el Aeropuerto Internacional Zakhaev en Moscú.
Makarov ha sido consciente de la identidad de Allen y lo mata durante la extracción, dejando su cuerpo para provocar una guerra entre Rusia y Estados Unidos. Enfurecido por lo que se creía que era un ataque terrorista estadounidense apoyado, Rusia toma represalias con una invasión sorpresa enorme en los Estados Unidos después de pasar por su sistema de alerta temprana, que revela que el módulo