En 1979, a pesar de su estrecha relación con la Unión Soviética, Cuba fue sede de la sexta cumbre de la Organización de los Países No Alineados, en el que Fidel Castro fue elegido presidente para los próximos tres años. En 1980 Castro cambió temporalmente las restricciones de salida del país, a unos 125 mil cubanos huyeron a los Estados Unidos antes de flujo detenido de nuevo en lo que se conoce como el éxodo del Mariel la. "Una vez más la relación con ese país se deterioró cuando los EE.UU.
acusó a Cuba de ayudar a los rebeldes de izquierda en El Salvador, otro punto sensible en las relaciones entre los dos países fue la ayuda proporcionada por los asesores cubanos al gobierno sandinista de Nicaragua. Además, en octubre de 1983 cientos de trabajadores de la construcción y el personal militar se vieron obligados a salir de Cuba después de la invasión de Granada de la isla por las tropas de los Estados Unidos.
FIN DE LA AYUDA SOVIÉTICA En abril de 1989, durante la visita del presidente soviético Mijail Gorbachov a La Habana, los dos países firmaron un tratado de amistad desde hace 25 años, aunque Fidel Castro rechazó abiertamente la aplicación de las reformas políticas y económicas que Gorbachov había establecido en la URSS. En julio de ese año, cuatro oficiales del ejército fueron ejecutados y otros diez fueron condenados a prisión por cargos de contrabando y el tráfico de drogas, el peor escándalo desde que Castro llegó al poder.
Con el colapso de la Unión Soviética a principios de la década de 1990, de ayuda y de comercio subsidios a Cuba desde el bloque soviético llegó a su fin y las fuerzas soviéticas se retiraron gradualmente de la país. Posteriormente, Estados Unidos endureció aún más las sanciones contra las relaciones comerciales con Cuba en noviembre de 1992 la Asamblea General de la ONU adoptó una resolución que pide la destitución del embargo estadounidense. Estas condenas de la ONU se repitieron secuencialmente en los años siguientes.
En 1993 ya se habían retirado todas las tropas soviéticas enviadas a Cuba durante la crisis de los misiles.