En los casos de amenorrea primaria, hay causas como:
No hay órganos reproductivos. Esto sucede en algunas hembras que nacen, o tienen algunos órganos, pero se echa en falta, como el útero o cérvix. Este problema realmente no tiene soluciones ya que no puede sustituir a los órganos faltantes.
Un problema glándula pituitaria podría ser otra causa de la ausencia de ciclos menstruales, junto con problemas en el hipotálamo.
Este problema puede ser tratado con medicamentos para resolver es de esperar lo que está pasando en la glándula pituitaria.
A veces hay una anormalidad en los cromosomas. Esto efectúa la producción de los folículos junto con los huevos que causan una hembra ovular. Este problema no tiene solución.